Biological Network Lab

Biological Network Lab is located at the Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas at the Universidad Nacional Autónoma de México.

The primary research focus of the laboratory is to study biological phenomena from a complex systems perspective. For this, we use different data mining strategies to obtain, preprocess and build data sets, which provide the basis for identifying and building networks. These include Gene Regulatory Networks, Gene Co-expression Networks, Drug and target networks, among others.

Projects

Last updated on Aug 29, 2022

Data mining in Biology

Obtaining, preprocessing and processing of hightrouput data, to identify patterns through machine learning algorithms.

Last updated on Aug 29, 2022

Gene Co-expression NEtworks

Construction and analysis of GCNs using machine learning algorithms.

Last updated on Aug 29, 2022

Gene Regulatory Network

Construction and analysis of GRNs using comparative genomics, text mining and machine learning algorithms.

Edgardo Galán Vásquez

Associate Researchers C

Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas

Principal Investigator

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Interests

Bioinformatics
Gene regulatory networks
Gene co-expression networks
Data mining

Education

PhD in Plant Biotechnology, 2016
CINVESTAV-Irapuato
MsC in Plant Biotechnology, 2011
CINVESTAV-Irapuato
BSc in Chemical engineering, 2009
Instituto Tecnológico de Oaxaca

Team

PhD students

Raúl Galindo Hernández. Identificación de patrones en datos de co-expresión de genes utilizando modelos de aprendizaje automático. Posgrado en ciencias e ingeniería de la computatión, IIMAS - UNAM.

Undergraduate

Alfredo Castillo Jiménez. Identificación de patrones de expresión en Ustilago maydis por medio de redes de co-expresión. Licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias - UNAM.

Social service students

Martin Reyes Bolaños. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Licenciatura en Ingeniería en Computación. UNAM. 2020.
Alfredo Castillo Jiménez. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Licenciatura en Biología. UNAM. 2021.
Alan Lozada. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Matemáticas Aplicadas. UNAM. 2021.
Fernando Morales Mendoza. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Ingeniería en Computación. UNAM. 2022.
Juan Ángel López García. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Ingeniería en Computación. UNAM. 2022.
José Juan Hernández Villegas. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Matemáticas Aplicadas y Computación. UNAM. 2022.
Mauricio Díaz Martínez. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Licenciatura en Matemáticas Aplicadas. UNAM. 2022.
William Brandom Estrada Tepec. Minería de datos aplicada a sistemas biológicos. Ingeniería en Computación. UNAM. 2022.

Recent Publications

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Edgardo Galán Vásquez, María del Consuelo Gómez-García, Ernesto Pérez-Rueda (2022). A landscape of gene regulation in the parasitic amoebozoa Entamoeba spp. Plos One.

PDF Cite DOI

Regnier Cano, Alexandre Rafael Lenz, Edgardo Galán Vásquez, Jorge Humberto Prado, Ernesto Pérez-Rueda (2022). Gene regulatory network inference and gene module regulating virulence in Fusarium oxysporum. Frontiers in Microbiology.

PDF Cite Project DOI

Cynthia Paola Rangel-Chávez, Edgardo Galán Vásquez, Azucena Pescador-Tapia, Luis Delaye, Agustino Martínez-Antonio (2021). RNA polymerases in strict endosymbiont bacteria with extreme genome reduction show distinct erosions that might result in limited and differential promoter recognition. Plos One.

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Cinthia V Soberanes-Gutiérrez, Ernesto Pérez-Rueda, José Ruiz-Herrera, Edgardo Galán Vásquez (2021). Identifying genes devoted to the cell death process in the gene regulatory network of Ustilago maydis. Frontiers in Microbiology.

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Edgardo Galán Vásquez, Ernesto Pérez-Rueda (2021). A landscape for drug-target interactions based on network analysis. Plos One.

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Tania Islas-Flores, Edgardo Galán Vásquez, Marco A Villanueva (2021). Screening a Spliced Leader-Based Symbiodinium microadriaticum cDNA library using the yeast-two hybrid system reveals a hemerythrin-like protein as a putative SmicRACK1 ligand. Microorganisms.

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